Según Manuel Domínguez el nombre del departamento tiene su origen en el nombre de una especie de guacamayo, llamado canindé, de vistoso plumaje que varía entre las tonalidades azul, rojo y dorado. El guacamayo que habita en la serranías del Mbaracayú, tiene la cabeza pelada en ambos lados, de ahí otra forma de pronunciar su nombre es aca nandí (cabeza pelada).
Formados los departamentos de Yhú -llamado después Caaguazú- en 1906, y el de Alto Paraná recién en 1945, es que se sientan las bases político administrativas para que luego se creara el XIV departamento de Canindeyú, en 1973.
Este departamento está situado en la porción noreste de la región Oriental. Limita al norte con Amambay y Brasil (separado por la cordillera de Mbaracayú); al sur, Caaguazú y Alto Paraná y al oeste, con San Pedro. La capital departamental es Salto del Guiará y la superficie territorial es de 14.667 kilómetros cuadrados.
Desde el punto de vista físico, el departamento de Canindeyú se divide en dos zonas. Por un lado, las cordilleras del Amambay y Mbaracayú y al oeste de estas elevaciones la otra zona regada por las vertientes del río Paraguay, Jejuí Guazú, Puendy , Jejui-mi, entre otros.
De clima agradable, la temperatura media anual del departamento de Canindeyú es de 21º C, disminuyendo levemente hacia el noreste. Su máxima es de 39º C en el verano y llega a bajar en invierno 0º C.
En Canindeyú existen actualmente dos áreas protegidas: La reserva natural del bosque Mbaracayú, bajo la administración Moisés Bertoni y el refugio biológico de Mbaracayú, a cargo de la entidad Binacional Itaipú.
Han sido recomendadas dos áreas prioritarias para ser conservadas, una de ellas es el bosque Ypeju ubicada en la naciente del Río Itanara en las estribaciones de la cordillera del Amambay.
En el periodo 1984-1991 la deforestación afecto a 301.538 hectáreas en el departamento, los bosque desaparecieron el razón de 47.077 por año y estas tierras fueron incorporadas al uso agropecuario a una tasa media anual del orden de 4.4%.
A nivel de la región oriental, el departamento contribuyó en un 14,9% a la perdida de la cobertura boscosa. Además pueden citarse el uso de tecnologías de producción con escasa o nula incorporación de medidas conservacionistas de suelos y aguas.
Canindeyú ostenta el llamativo título de ser el principal productor de café del Paraguay. La producción del rubro no es tradicional en el país, por lo que su cultivo es relativamente escaso y en este departamento se recolectó más de la mitad de la cosecha en el año 1996.
Otro rubro no tradicional en el que se destaca Canindeyú en el campo de la producción es el tabaco, del cual es el segundo productor nacional. No es un cultivo muy extendido, sin embargo la región tiene una significativa participación en la producción.
En cuanto a población Canindeyú ocupa el undécimo lugar y al igual que otros departamentos del país, mantiene una amplia diferencia entre su mayoritaria población rural y su no muy extendida población urbana: el 83% habita en al zonas rurales y el 17% en sus escasos centros urbanos. El departamento cuenta con 7 centros urbanos, 4 de ellos con menos de 500 habitantes.
Según la Dirección de Censos y Estadísticas, la población actual de Canindeyú es de 145.840 habitantes, en tanto que la densidad poblacional es de 9,9 habitantes por kilómetro.
Con relación a infraestructura básica Canindeyú se encuentra entre los departamentos peor servidos. Así, tenemos que en cuanto a acceso al servicio de energía eléctrica, la región ocupa el decimosexto lugar, y en cuanto a acceso de la población a los servicios de agua potable, Canindeyú ocupa el decimoquinto lugar.
Un hecho llamativo se da en cuanto al desempeño del departamento en cuanto a salud, pues con relación a la cobertura de vacunaciones de menores de un año, Canindeyú ocupa el primer lugar en BCG y el segundo lugar en vacuna antipolio y DPT.
En enero de 1998 se habilitó el campo universitario donde funciona las carreras de ciencias jurídicas y ciencias contables. Además la capital, Salto del Guaira cuenta con 7 colegios secundarios.
La capital de Canindeyú está unida al país por medio de una ruta asfaltada que sale por Katuete, y empalma con la supercarretera.
Cuenta con 2 radioemisoras, la AM Mbarakayú y la FM Canindeyú.
Salto del Guaira tiene una dinámica vida deportiva, dispone de 5 clubes que componen la liga del lugar.